| Some of these projects were part of the second phase of ENCODE. | Некоторые из этих проектов были частью второй фазы ENCODE. |
| By 2010, over 1,000 genome-wide data sets had been produced by the ENCODE project. | К 2010 году проектом ENCODE было получено более 1000 полногеномных наборов данных. |
| The ENCODE Consortium is composed primarily of scientists who were funded by US National Human Genome Research Institute (NHGRI). | Консорциум ENCODE в основном состоит из ученых, которые спонсируются Национальным институтом исследований генома человека США. |
| All data generated by ENCODE participants on these regions was rapidly released into public databases. | Все данные об этих регионах, полученные участниками ENCODE, были быстро выпущены в общедоступные базы данных. |
| Furthermore, the much lower estimates of functionality prior to ENCODE were based on genomic conservation estimates across mammalian lineages. | Более того, значительно более низкие оценки функциональности до ENCODE были основаны на оценках консервативности генома млекопитающих. |
| Furthermore, the ENCODE project has emphasized sensitivity over specificity leading possibly to the detection of many false positives. | Более того, в проекте ENCODE сделан акцент в пользу чувствительности, а не специфичности, что ведет к множеству ложноположительных результатов. |
| GENCODE is a scientific project in genome research and part of the ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) scale-up project. | GENCODE - проект геномных исследований, являющийся составной частью проекта «Энциклопедия элементов ДНК» (ENCODE). |
| The international Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project uncovered, by direct biochemical approaches, that at least 80% of human genomic DNA has biochemical activity. | В ходе международного проекта (ENCODE) обнаружено, путем прямых биохимических исследований, что по крайней мере 80 % геномной ДНК человека имеет биохимическую активность. |
| In a 2014 paper, ENCODE researchers tried to address "the question of whether nonconserved but biochemically active regions are truly functional". | В статье 2014 года, ENCODE исследователи попытались ответить на «вопрос о том, действительно ли неконсервативные, но биохимически активные области действительно функциональны». |
| Data for the Roadmap project can either be found in the Roadmap portal or ENCODE portal. | Данные проекта Roadmap доступны на порталах Roadmap или ENCODE. |
| The ENCODE project's claim that 80% of the human genome has biochemical function was rapidly picked up by the popular press who described the results of the project as leading to the death of junk DNA. | Заявление, выдвинутое в рамках проекта ENCODE, о том, что 80 % геноме человека имеет биохимическую функцию было быстро подхвачено научно-популярными изданиями, которые охарактеризовали результаты проекта как влекущие за собой смерть «мусорной» ДНК. |
| Intended as a follow-up to the Human Genome Project, the ENCODE project aims to identify all functional elements in the human genome. | Задуманный как продолжение проекта «Геном человека», ENCODE ставит целью проведение полного анализа функциональных элементов генома человека. |
| 2003 September The National Human Genome Research Institute (NHGRI) launched a public research consortium named ENCODE, the Encyclopedia Of DNA Elements, in September 2003, to carry out a project to identify all functional elements in the human genome sequence. | В сентябре 2003 года Национальный институт исследований генома человека (NHGRI) открыл публичный исследовательский консорциум ENCODE для реализации проекта по определению всех функциональных элементов человеческого генома. |
| Somewhat arbitrary choice of cell lines and transcription factors as well as lack of appropriate control experiments were additional major criticisms of ENCODE as random DNA mimics ENCODE-like 'functional' behavior. | В некоторой степени произвольный выбор клеточных линий и транскрипционных факторов, так же, как недостаток необходимых контрольных экспериментов, стали дополнительным поводом для серьезной критики в адрес ENCODE, поскольку случайная молекула ДНК может имитировать такое «функциональное» поведение в интерпретации ENCODE. |
| The primary assays used in ENCODE are ChIP-seq, DNase I Hypersensitivity, RNA-seq, and assays of DNA methylation. | Основными биологическими испытаниями, используемыми в ENCODE являются ChIP-seq, поиск ДНКазаI-гиперчувствительных областей, RNA-seq и исследование метилирования ДНК. |
| ENCODE is also intended as a comprehensive resource to allow the scientific community to better understand how the genome can affect human health, and to "stimulate the development of new therapies to prevent and treat these diseases". | ENCODE задуман как всеобъемлющий ресурс, который позволит научному сообществу лучше понять, как геном может влиять на здоровье человека, и простимулирует развитие новых методов профилактики и лечения заболеваний. |
| Some of these problems had to be addressed in the ENCODE technology development phase, which aimed to devise new laboratory and computational methods that would improve our ability to identify known functional sequences or to discover new functional genomic elements. | Некоторые из этих проблем пришлось решать на этапе развития технологии ENCODE (проходящим одновременно с начальным этапом проекта), целью которого была разработка новых лабораторных и вычислительных методов, которые улучшили бы определение известных функциональных последовательностей или исследование новых функциональных элементов генома. |
| ENCODE is currently implemented in four phases: the pilot phase and the technology development phase, which were initiated simultaneously; and the production phase. | Проект ENCODE реализуется в три этапа: начальная фаза, фаза развития технологии и продуктивная фаза. |
| The primary goal of the ENCODE project is to determine the role of the remaining component of the genome, much of which was traditionally regarded as "junk." | Первостепенная задача проекта ENCODE - определить функцию остальной части генома, большая часть которой традиционно рассматривалась как «мусор» (например, ДНК, которая не транскрибируется). |
| The pilot ENCODE project cost an estimated $55 million; the scale-up was about $130 million and the US National Human Genome Research Institute NHGRI could award up to $123 million for the next phase. | Стоимость начальной стадии проекта ENCODE оценивалась в 55 млн долларов, его расширение стоило примерно 130 млн долларов, и Национальный институт исследований генома человека США был готов выделить до 123 млн для следующего этапа проекта. |
| The consortium integrated information and annotated regulatory elements across 127 reference epigenomes, 16 of which were part of the ENCODE project. | Консорциум собрал and аннотировал регуляторные элементы в 127 референсных эпигеномах, 16 из которых были частью проекта ENCODE. |
| The ENCODE project proposes to map all of the DHSs in the human genome with the intention of cataloging human regulatory DNA. | Одной из целей проекта ENCODE является картирование всех гиперчувствительных сайтов в геноме человека с целью систематизации регуляторной ДНК. |
| However the conclusion that most of the genome is "functional" has been criticized on the grounds that ENCODE project used a liberal definition of "functional", namely anything that is transcribed must be functional. | Однако вывод о том, что основная часть генома «функциональна» было раскритиковано на тех основаниях, что проект ENCODE слишком широко определяет «функциональность», а именно: все, что транскрибируется в клетке, имеет свою функцию. |
| An additional problem is that ENCODE is not a unique name dedicated to the ENCODE project exclusively, so the word 'encode' comes up in many genetics and genomics literature. | Дополнительной проблемой стало то, что ENCODE не является уникальным названием, относящимся только к проекту ENCODE, поэтому слово 'encode' (кодировать) всплывает в большом количестве литературы по генетике и исследованию генома. |
| There have been attempts to scour the literature for the papers in which ENCODE plays a significant part and since 2012 there have been 300 papers, 110 of which come from labs without ENCODE funding. | При попытке подсчитать все публикации, в которых ENCODE играет значительную роль, с 2012 года было выявлено 300 таких статей, 110 из них основывались на результатах, полученных в лабораториях без финансового участия ENCODE. |